Convidado para organizar e dirigir a instituição federal de assistência aos indígenas, Rondon aquiesce mas condiciona sua participação à aprovação, pelo governo, dos princípios estatuídos pelos positivistas, na matéria. Como diretrizes para o novo órgão Rondon reporta-se aos princípios compendiados em 1822 por José Bonifácio de Andrada e Silva e até então irrealizados.

1.º) Justiça – não esbulhando mais os indígenas, pela força, das terras que ainda lhes restam e de que são legítimos senhores; 
2.º) brandura, constância e sofrimento de nossa parte, que nos cumpre como usurpadores e cristãos; 
3.º) abrir comércio com os bárbaros, ainda que seja com perda da nossa parte; 
4.º) procurar com dádivas e admoestações fazer pazes com os indígenas inimigos; 
5.º) favorecer por todos os meios possíveis os matrimônios entre indígenas e brancos e mulatos. (1910: 22-23.)

Na apresentação de seu programa indigenista, Rondon e sua equipe passam em revista as experiências práticas do passado e os estudos da questão indígena no Brasil. Dentre estes destacam os do general Couto de Magalhães, cujos esforços levados a efeito em meados do século XIX, para assistir os indígenas Karajá e Kayapó do rio Araguaia, segundo os métodos tradicionais, ele próprio criticara num retrato clássico do indígena catequizado:

“É, por via de regra, um ente degradado; ou seja que o sistema de catequese é mau, ou seja que o esforço dirigido especialmente para conseguir um homem religioso, se esqueça de desenvolver as ideias eminentemente sociais do trabalho livre, ou seja por outra qualquer cousa, o fato é este: o indígena catequizado é um homem sem costumes originais, indiferente a tudo e, portanto, à sua mulher e quase que à sua família”. (1940: 146.)

Em outro contexto, Couto de Magalhães matiza este retrato:

“Coitados! Eles não têm historiadores; os que lhes escrevem a história ou são aqueles que, a pretexto da religião e civilização, querem viver à custa de seu suor, reduzir suas mulheres e filhas a concubinas, ou são os que os encontram degradados por um sistema de catequese, que com mui raras e honrosas exceções é inspirada por móveis de ganância ou da libertinagem hipócrita, o que dá em resultado uma espécie de escravidão que, fosse qual fosse a raça, havia forçosamente de produzir a preguiça, a ignorância, a embriaguez, a devassidão e mais vícios que infelizmente acompanham o homem quando se degrada. 
Os escravos dos gregos e romanos eram de raça branca, e não sei que a história tenha conservado notícia de gente pior”. (1940: 283.)

E propõe, a seguir, o sistema de assistência que lhe parece mais conveniente:

“É ensinar em cada tribo alguns meninos a ler e a escrever, conservando-lhes o conhecimento da língua materna, e sobretudo: não aldear nem pretender governar a tribo selvagem. Deixemo-los com seus costumes, sua alimentação, seu modo de vida. A mudança mais rápida é aquela que só pode ser operada com o tempo, e no decurso de mais de uma geração, pela substituição gradual das idéias e necessidades que eles possuem no estado bárbaro, em comparação com as que hão de ter desde que se civilizem. Limitemo-nos a ensinar-lhes que não devem matar aos de outras tribos. É a única coisa em que eles divergem essencialmente de nós. Quanto ao mais, seus costumes, suas ideias morais, sua família, seu gênero de trabalho para alimentar-se, são muito preferíveis, no estado de barbaria em que eles se acham, aos nosso costumes que eles repelem enquanto podem, e aos quais se não sujeitam senão quando enfraquecidos por contínuas guerras, se vêm entregar a nós para evitar a morte e a destruição”. (1940: 283-284.)