Em todo o século XIX nenhuma missão religiosa realizara uma só pacificação de tribo hostil; no entanto, continuaram apregoando sua exclusiva capacidade para esses empreendimentos. As poucas missões que realmente atuavam entre os índios haviam caído a um nível muito baixo. Mesmo onde havia fervor e dedicação, como parece ter ocorrido com os dominicanos de frei Gil, no Araguaia, os métodos utilizados punham tudo a perder. Velhos erros repetidos através de gerações levavam uma tribo após outra ao mais alto grau de desajustamento, sem que os missionários tomassem consciência do papel que sua própria intolerância representava no processo. Em quase todas as missões haviam estourado conflitos entre indígenas e missionários que eram atribuídos, de forma simplista, à rudeza do indígena mal-agradecido e irremediavelmente inapto para a civilização.

Os salesianos, aos quais fora entregue em 1894 a colônia Tereza Cristina, onde viviam os Bororo do rio São Lourenço, com eles se incompatibilizaram a ponto de a colônia ser abandonada pelos indígenas e os missionários serem compelidos a aceitar sua expulsão. (Alípio Bandeira, 1923: 75.)

Em 1893, os capuchinhos, que catequizavam índios Pojitxá em Itambacuri, Minas Gerais, foram atacados por seus catecúmenos, levados ao desespero. O assalto fracassou, mas os indígenas fugiram para as matas do Mucuri onde foram caçados por sertanejos revoltados contra o insólito ataque aos piedosos missionários.

Em 1901, cinco padres franciscanos e nove freiras que dirigiam uma missão de catequese dos indígenas Guajajára, em Alto Alegre, município de Barra do Corda, no Maranhão, foram trucidados pelos indígenas revoltados com a separação de pais e filhos, moças e rapazes. A represália imediata, contra inocentes e culpados, revestiu-se de requintes de crueldade da parte de sertanejos e indígenas Canelas, para isto aliciados. Vinte anos depois, os indígenas remanescentes da missão de Alto Alegre ainda escondiam sua identidade, apavorados com o que lhes poderia suceder, se fossem descobertos. (S. Fróes de Abreu, 1931: 219.)

Dezenas de pedidos de padres catequistas feito pelos governos provinciais, para atender tanto a indígenas hostis como a indígenas já civilizados, deixaram de ser satisfeitos pelas ordens religiosas por não contarem com pessoal para isto. E nos poucos casos atendidos, os clérigos encaminhados às províncias eram de tal sorte inqualificados para os misteres da catequese, que pouco depois se desmoralizavam perante indígenas e civilizados.

Foi o que ocorreu com as missões de padres capuchinhos criadas para pacificar os indígenas de São Paulo, Santa Catarina, minas Gerais e Espírito Santo, os quais, embora recebendo estipêndios do Estado para esta obra, jamais a ela se dedicaram realmente. (Frei Fidélis M. Primério, 1942). Deu-se o mesmo com os Dominicanos que se propuseram catequizar os Kayapó Meridionais, os Karajá, os Xerente e os Krahó do Tocantins. O mesmo ocorreria, nos anos seguintes, com os salesianos, primeiro em Mato Grosso, depois no Amazonas. Quase todas essas missões se dissolveram nas desobrigas através de vastas regiões sertanejas, acabando por esquecer ou relegar a um plano secundário os propósitos para os quais foram criadas.

Assim se vê que foi antes o malogro das missões religiosas que pontos de vista doutrinários o que levou à adoção da assistência leiga, sem preocupação de proselitismo religioso, assegurando-se, todavia, ampla liberdade de catequese a todas as confissões religiosas.

A formulação desta nova política indigenista coube principalmente aos positivista, que, baseados no evolucionismo humanista de Augusto Comte, propugnavam pela autonomia das nações indígenas na certeza de que, uma vez libertas de pressões externas e amparadas pelo governo, evoluiriam espontaneamente.

Segundo o modo de ver dos positivistas, os indígenas, mesmo permanecendo na etapa “fetichista” do desenvolvimento do espírito humano, eram suscetíveis de progredir industrialmente, tal como, na mesma etapa, haviam progredido os povos andinos, os egípcios e os chineses. Para tal resultado, o que cumpria fazer era proporcionar-lhes os meios de adotarem as artes e as indústrias da sociedade ocidental. Assim, não cabia ao governo qualquer atividade de catequese, que pressupõe o propósito da conversão em matéria espiritual, para o que seria necessário existir uma doutrina oficial, religiosa ou filosófica. O que se impunha era, pois, uma obra de proteção aos indígenas, de ação puramente social, destinada a ampará-los em suas necessidades, defendê-los do extermínio e resguardá-los contra a opressão.