Com o recrudescimento das lutas entre esses grupos Akwên e os civilizados, o governo tomou providências enérgicas para confinar no Carretão aqueles que ainda lá permaneciam. Nos anos seguintes, foram compelidos a se fixar ali grupos de indígenas Kayapó e Karajá vencidos em guerra. Esses indígenas não se davam uns com os outros e menos ainda com os sertanejos.
Segundo a tradição local, entre os métodos de extermínio utilizados em Goiás, houve também a contaminação propositada de bexiga e o envenenamento de aguadas com estricnina. Muito poucos indígenas sobreviveram no Carretão, onde perderam a língua e os costumes; não obstante permaneceram indígenas. Do esbulho dos indígenas do Carretão participou também um governador do Estado de Goiás, que, usando de sua autoridade, lhes tomou até mesmo a antiga sede do aldeamento. Os indígenas só puderam salvar as imagens da antiga capela que exibiam nas ruas como único documento de seus direitos postergados. A capela, agora fechada para eles, ainda está de pé, em meio aos campos de criação que se estendem a perder de vista, na fazenda do ex-governador.
Os Akwên, que voltaram a se fixar no seu antigo território, à margem do tocantins, passaram a ser conhecidos como Xerente. Estes grupos revelaram maior disposição para conviver com os civilizados. Por volta de 1870 foram procurados em suas aldeias por um capuchinho, frei Antônio de Ganges, com o propósito de catequizá-los. Aos poucos foi-se concentrando em torno da igreja e da casa do missionário uma população sertaneja que invadia, lentamente, com seus rebanhos os campos de caça dos indígenas, formando-se um arraial chamado Teresa Cristina, hoje Piabanhas. Quando os indígenas se deram conta do logro e procuram expulsar os invasores, já lhes restava muito pouco, e isto mesmo vieram perdendo desde então. (Padre Estevão Gallais, 1942).
A redução da população Xerente foi tão drástica quanto a dos Timbíra. Cunha Matos (1874) os avaliou em quatro mil, em 1824, quando já haviam sofrido grande redução. Em 1957 já estavam reduzidos a trezentos e cinquenta. Em contrapartida, os Xavantes, que se isolou dos civilizados voltando a vida antiga, cresceu em número e se fez respeitar e temer cada vez mais até constituir uma das tribos mais aguerridas do Brasil. Até 1946 sua hostilidade era a única garantia dos indígenas vizinhos, também seus inimigos, contra a expansão das fazendas de criação.

Os Kayapó Setentrional

Kayapó Setentrional é a designação de uma tribo de língua Jê dividida em grandes hordas que cobriam um extenso território entre os rios Araguaia e Tapajós, ao longo das fronteiras da floresta Amazônica com os campos do planalto Central. A extraordinária mobilidade e a mais ativa belicosidade fazem dos Kaiapó os indígenas mais temidos e mais odiados do Brasil. Somente os Xavantes chegaram a disputar-lhes essa legenda de ferocidade. Tribos distantes mais de mil quilômetros de suas aldeias, como os Tapirapé e os Karajá, viviam sobressaltados nas grandes estiagens de cada ano, temendo os ataques Kaiapó que costumavam ocorrer nessa ocasião. Nos anos seguintes, as relações com civilizados se restringiram mais ainda, em virtude do fracasso da companhia de navegação e do colapso em que entrou a economia da região.

Os Kayapó Meridonais

Os Kayapó Meridionais tiveram também seus entusiasmo pelos cristãos, experientaram conviver pacificamente com eles e chegaram até a concentrar-se em grandes grupos nos estabelecimentos militares criados para civilizá-los. Como outras tribos Jê, porém, acabaram fugindo para seus campos, onde retornaram aos costumes tribais e reiniciaram as hostilidades contra o invasor.
Quando a decadência das explorações auríferas permitiu aos Kayapó restabelecer suas forças, surgiu uma nova invasão: a dos criadores de gado que penetravam na Caiapônia, vindos de Minas e de São Paulo. Era a mesma onda que tivera início, séculos antes, junto à costa, no nordeste e que viera avançando ao longo do rio São Francisco, para alcançar, já no fim do século XIX, o território dos Kayapó do Sul. Os bandeirantes, feita a razia (saque, invasão de território), arrebanhavam os prisioneiros, os acorrentavam em magotes e regressavam. Os garimpeiros nunca se fixavam num lugar e pouco se afastavam da barranca dos rios; depois de esgravatá-los arduamente, iam adiante. Os criadores vinham para apoderar-se da terra e nela se fixarem definitivamente. Contra eles nada puderam os Kayapó: gente e gado surgiram em todas as direções, alcançando-os aonde quer que se refugiassem.
O século XX encontra os Kayapó Meridionais empenhados nesta luta de sobrevivência como povo. Desiludidos de conviver pacificamente com os brancos, pelas trágicas experiências recordadas por toda a tradição tribal, só lhes restava lutar.
Nunca encontraram quem lealmente se dispusesse a propor-lhes a paz, assegurando a oportunidade de viverem independentes.
Hoje toda a Caiapônia é deserta de indígenas e só recorda seus antigos habitantes no nome dos acidentes geográficos: “serra dos Caiapós”, “rios Caiapó-Grande e Caiapozinho”. Os kayapó Meridionais desapareceram sem deixar vstígios, além destes nomes.

Os Gorotíre

Outros grupos Kayapó Sententrionais continuaram hostis. Os Gorotíre procuram estabelecer relações pacíficas tanto com a gente dos campos, quanto com os seringueiros que penetraram seu território, subindo o Xingu. Mas sempre foram recebidos à bala ou com tentivas de escravização. Acabaram localizando-se na orla da floresta para estarem ao abrigo dos ataques, que tanto vinham dos criadores como dos coletores de drogas da mata. E dali partem, nos meses de estiagem, os temidos grupos que atacam sertanejos e indígenas do Xingu e Araguaia.

Nenhuma tribo em nosso tempo chegou a polarizar tanto ódio dos sertanejos como estes Gorotíre, e, na cidade fundada por frei Gil para catequizá-los, se acoita o maior número de chacinadores de indígenas Kayapó.
Caipônia é todo o território hoje compreendido pelo sul de Goiás, sudeste de Mato Grosso, Triângulo Mineiro e noroeste de São Paulo.